JJ Thomson nació en Inglaterra, Cheetham Hill, ciudad de Manchester en el año 1856, sus antepasados de origen Escocés.

Estudia Ingeniería en la Universidad de Manchester “Owens College”, en 1870, en 1876 se traslada para continuar sus estudios a Trinity College de Cambridge.

En el año 1880 obtiene su licenciatura en matemáticas (Segunda Wrangler y un segundo premio Smith) y en 1883 MA (Adams Premio).

1884 se recibe de profesor de Física Cavendish, entre sus alumnos se destaca a Ernest Rutherford, sucesor de su puesto.

Se casa con Rose Elizabeth Pager, en 1890, quien es hija de Sir Edward George Paget, KCB, médico y por entonces Regius Profesor de Medicina en Cambridge (Regius Professor of Physic).

De su matrimonio con Elizabet fue padre de dos hijos un niño y una niña, el varón se llamo George Paget Thomson, quien con los años se convierte en un destacado físico, también galardonado con un Nóbel de Física en 1937 al demostrar las propiedades de topos ondulatorios de los electrones, a su hija la llamaron Joan Paget Thomson.

JJ Thomson en 1906 es galardonado con el Premio Nobel de Física “ En reconocimiento  de los grandes méritos de sus investigaciones teóricas y experimentales en la conducción de la electricidad generada por los gases” Obtuvo el titulo de caballero en 1808 y también nombrado con la Orden del Mérito en el año 1912.

Para 1914 entrega el Romanes Lecture en Oxford por el tema de “La teoría atómica”.

1918 toma el cargo de Rector del Trinity College de Cambridge, el mismo instituto que lo vio formarse, se mantiene en su puesto de rector hasta el 30 de agosto de 1940 fecha de su muerte, su entierro se efectúo en la Abadia de Westminster, compartiendo honores con Sir Isaac Newton.